Muzeum Misyjne zostało otwarte w 1977 roku z myślą o pielgrzymach zainteresowanych historią klasztoru i działalnością zakonu Misjonarzy Oblatów. Muzeum składa się z trzech sal, z których pierwsza została poświęcona historii Łyssej Góry i klasztoru Benedyktynów.  Drugą salę poświęcono tragicznemu okresowi w historii klasztoru, tj od kasaty klasztoru do końca II wojny światowej. W tym czasie klasztor pełnił m.in.funkcję więzienia oraz obozu jenieckiego dla żołnierzy sowieckich. Wreszcie sala trzecia, w której znajduje się ekspozycja poswięcona działalności misyjnej Oblatów.

Muzeum Przyrodnicze Świętokrzyskiego Parku Narodowego na Świętym Krzyżu jest jednostką edukacyjną ŚPN założoną  w 1954 roku. Pierwotnie zajmowało budynek dawnego hospicjum klasztornego, a w 1972 roku zostało przeniesione do odbudowanego zachodniego skrzydła budynku klasztornego. Wystawa pokazuje historię Łysogór i okolic od czasów pierwotnych, zanim człowiek zaczął wpływać na środowsko, dochodząc do czasów obecnych, z krajobrazem mocno zmienionym przez człowieka. Na wystawie przedstawiono wpływ działalności człowieka na krajobraz na przykładzie rozwoju hutnictwa, osadnictwa i godpodarki leśnej.