Zaczątkiem budowli sakralnych na Łysej Górze jest kamienny wał kultowy wybudowany w VII lub VIII wieku. Choć pogańska budowla istnieje do dziś, to od blisko tysiąclecia Łysa Góra jest bardzo ważnym miejscem dla chrześcijaństwa. Już w pierwszych latach po chrzcie Polski na Łysej Górze wybudowano kościół pod wezwaniem Trójcy Przenajświętszej. Według Jana Długosza, w roku 1006 Bolesław Chrobry ufundował klasztor, w którym osadził Benedyktynów z Monte Cassino. Za Mieszka II klasztor został zniszczony przez Czechów.

Muzeum Misyjne zostało otwarte w 1977 roku z myślą o pielgrzymach zainteresowanych historią klasztoru i działalnością zakonu Misjonarzy Oblatów. Muzeum składa się z trzech sal, z których pierwsza została poświęcona historii Łysej Góry i klasztoru Benedyktynów.  Drugą salę poświęcono tragicznemu okresowi w historii klasztoru, tj od kasaty klasztoru do końca II wojny światowej. W tym czasie klasztor pełnił m.in.funkcję więzienia oraz obozu jenieckiego dla żołnierzy sowieckich. Wreszcie sala trzecia, w której znajduje się ekspozycja poświęcona działalności misyjnej Oblatów.

Muzeum Przyrodnicze Świętokrzyskiego Parku Narodowego na Świętym Krzyżu jest jednostką edukacyjną ŚPN założoną  w 1954 roku. Pierwotnie zajmowało budynek dawnego hospicjum klasztornego, a w 1972 roku zostało przeniesione do odbudowanego zachodniego skrzydła budynku klasztornego. Wystawa pokazuje historię Łysogór i okolic od czasów pierwotnych, zanim człowiek zaczął wpływać na środowisko, dochodząc do czasów obecnych, z krajobrazem mocno zmienionym przez człowieka. Na wystawie przedstawiono wpływ działalności człowieka na krajobraz na przykładzie rozwoju hutnictwa, osadnictwa i gospodarki leśnej.