Kościół p.w. św Józefa został wybudowany przez Franciszkanów - Reformatów, którzy przybyli do Sandomierza w 1672 roku. W roku 1690 kościół został konsekrowany przez biskupa Stanisława Szembeka. Fundatorami świątyni byli: Aleksander Lubomirski, starosta sandomierski i wojewoda krakowski, Jan Kurdwanowski, sędzia grodzki, Piotr Opocki, kasztelan wiślicki i Marcin Dębicki, podkomorzy sandomierski.

Zaczątkiem budowli sakralnych na Łysej Górze jest kamienny wał kultowy wybudowany w VII lub VIII wieku. Choć pogańska budowla istnieje do dziś, to od blisko tysiąclecia Łysa Góra jest bardzo ważnym miejscem dla chrześcijaństwa. Już w pierwszych latach po chrzcie Polski na Łysej Górze wybudowano kościół pod wezwaniem Trójcy Przenajświętszej. Według Jana Długosza, w roku 1006 Bolesław Chrobry ufundował klasztor, w którym osadził Benedyktynów z Monte Cassino. Za Mieszka II klasztor został zniszczony przez Czechów.

Zanim powstała obecna kolegiata, w jej miejscu istniał romański kościół p.w. Panny Marii, który został wybudowany w połowie XII wieku. Kościół był siedzibą kapituły kolegiackiej. Fundatorem romańskiego kościoła był prawdopodobnie Henryk Sandomierski, który z tego powodu został przedstawiony na gipsowej posadzce krypty wraz z Kazimierzem Sprawiedliwym, jego żoną i synami. Płyta Orantów (postacie w pozycji modlitewnej) jest najcenniejszym zabytkiem bazyliki. Krypta bazyliki, choć należy do świątyni, jest częścią Muzeum Archeologicznego w Wiślicy, które z kolei jest oddziałem Muzeum Narodowego w Kielcach.

Muzeum Archeologiczne w Wiślicy powstało 20 maja 1966 roku, jako odpowiedź na dużą ilość zabytków odkrytych podczas badań archeologicznych w latach powojennych. Głównym celem było zabezpieczenie i udostępnienie pozostałości architektonicznych – kościoła św. Mikołaja wraz z hipotetycznym baptysterium oraz zabytków odkrytych w podziemiach kolegiaty. Wybudowany w roku 1964 roku pawilon szybko uległ degradacji i na początku lat 80-tych szukano nowej siedziby dla muzeum. Nowej siedziby nie znaleziono, za to w roku 1986 rozpoczęto remont pawilonu, w wyniku którego stan budynku się... pogorszył.