Zanim powstała obecna kolegiata, w jej miejscu istniał romański kościół p.w. Panny Marii, który został wybudowany w połowie XII wieku. Kościół był siedzibą kapituły kolegiackiej. Fundatorem romańskiego kościoła był prawdopodobnie Henryk Sandomierski, który z tego powodu został przedstawiony na gipsowej posadzce krypty wraz z Kazimierzem Sprawiedliwym, jego żoną i synami. Płyta Orantów (postacie w pozycji modlitewnej) jest najcenniejszym zabytkiem bazyliki. Krypta bazyliki, choć należy do świątyni, jest częścią Muzeum Archeologicznego w Wiślicy, które z kolei jest oddziałem Muzeum Narodowego w Kielcach.